種子發芽率除了來自種子本身的條件制約因素之外，還受到很多客觀因素的影響。主要是一些自然條件和人為因素造成的影響。而種子發芽箱能盡可能的調節這些外部因素，是的種子能更健康的發芽，生長。

    制約種子發芽率的自然因子：
    種子發芽需要有水、溫、氣、光等條件，不同作物由于起源和進化的生態環境不同，其發芽所要求的條件也有所差異。
    水分：水分是種子發芽的關鍵性因素，沒有水種子不能萌發，但是水分過多則會增加種子霉爛和病菌感染的幾率。
    溫度：在適宜的溫度條件下，種子發芽的溫度控制有恒溫和變溫兩種。具體采取哪種控溫模式，要根據不同作物種子對溫度的具體要求來定。
    氧氣：一般來說，發芽床上水分多、氧氣少，則長芽；反之，水分少氧氣多則宜于長根。
    光照 ：作物種子發芽對光反應不同，一般分為需光型種子、需暗型種子和光不敏感型種子。實踐中多數大田作物和蔬菜種子對光不敏感，在光照或黑暗條件下均能良好發芽，但最好還是采用光照。

    制約種子發芽率的人為因子：
    清洗消毒不認真：發芽用品在每一次使用前都要進行清潔消毒處理，上述物品如果沒有進行清潔消毒或殺菌不徹底，都會增加種子感染病菌的機會，從而使發芽率下降。
    加水不當：管理過程中，發芽床過干或過濕，以及各重復加水不一致，都會影響正常出芽和種苗生長，導致結果的不準確。
    幼苗判定產生的誤差：幼苗判定的尺度把握因人而異，同一樣品的4次重復，不同的檢驗員來操作和判定最容易引起超差。
    數據處理產生的誤差：由于計算失誤或沒有執行最大容許差距及數值修約規定，使相同的試驗數據往往得出不同的檢測結果。

    像水分，溫度，光照，氧氣等這些因素會影響種子發芽率，大家覺得無可厚非，但是一些諸如在種子發芽過程中，類似清洗消毒不認真，加水不當，幼苗判定產生的誤差，數據處理產生的誤差之類的認為因素，可能就比較容易被忽略，因此，種子發芽箱，有條件的話，精密種子發芽箱的配合使用，對種子發芽率的提升無疑是非常有幫助的。